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El Programa de Cooperación Técnica en Materia de Derechos Humanos se financia con el presupuesto ordinario de las Naciones Unidas y con el Fondo Voluntario de las Naciones Unidas para la Cooperación Técnica en Materia de Derechos Humanos. Además de la financiación con cargo al presupuesto ordinario y al Fondo de Contribuciones Voluntarias, a veces los proyectos específicos son financiados por socios del ACNUDH en el sistema de las Naciones Unidas.

Si bien se mantiene una distinción entre los proyectos financiados con cargo al presupuesto ordinario y los financiados por el Fondo de Contribuciones Voluntarias a efectos de la rendición de cuentas, la presentación de informes y la información presupuestaria, los proyectos se ejecutan, independientemente de la fuente de financiación, en el contexto común del programa general del ACNUDH.

La División de Operaciones sobre el Terreno y Cooperación Técnica es responsable de la gestión del Programa a través de las Subdivisiones y Secciones Geográficas, con la asistencia de todas las Divisiones pertinentes del ACNUDH. La Oficina de las Naciones Unidas en Ginebra, la Oficina de las Naciones Unidas de Servicios para Proyectos o el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) prestan apoyo administrativo, según proceda. El Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos tiene la responsabilidad general del programa, bajo la autoridad del Secretario General. El Alto Comisionado tiene el mandato, en virtud de la resolución 48/141 de la Asamblea General, de 20 de diciembre de 1993, de prestar, a través del ACNUDH, servicios de asesoramiento y asistencia técnica a petición de los Estados y, en su caso, de las organizaciones regionales de derechos humanos, con el fin de apoyar las acciones y los programas en el ámbito de los derechos humanos.

En otro avance importante, la Comisión de Derechos Humanos, en su resolución 1993/87 de 10 de marzo de 1993, pidió al Secretario General que nombrara una junta de síndicos para que asumiera la administración del Fondo de Contribuciones Voluntarias para la Cooperación Técnica en Materia de Derechos Humanos. La Junta de Síndicos se estableció en diciembre de 1993.

El Informe del ACNUDH, el Plan de Gestión del ACNUDH y el Llamamiento Anual incluyen información pertinente sobre los programas que reciben apoyo del Fondo Voluntario de Cooperación Técnica.